《飞跃巅峰2》故事设定在宇宙开拓时代，主角是充满活力与热情的少女高屋法子。法子生活在宇宙移民船“光辉方舟号”上，这里面临着神秘敌人“影子侵略者”的威胁。法子偶然间发现了一艘古老的机器人“飞跃巅峰号”，并与它产生了奇妙的连接，成为了驾驶员。 在战斗中，法子结识了一群伙伴，有冷静理智的队长，也有性格各异的队友。他们共同面对“影子侵略者”一波又一波的攻击，在一次次战斗中成长。每一场战斗都异常激烈，法子驾驶着“飞跃巅峰号”凭借着顽强的意志和不断挖掘的潜力，一次次化险为夷。 随着故事推进，他们逐渐揭开“影子侵略者”背后的真相，也明白了自己肩负的使命。在最终决战里，法子和伙伴们齐心协力，驾驶着“飞跃巅峰号”爆发出强大力量，战胜敌人，守护了“光辉方舟号”以及整个宇宙的和平。