2089 年，考古学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维在苏格兰发现了一些古老的壁画，这些壁画指向了遥远的星系。他们认为这是外星文明向人类发出的邀请信号。于是，他们跟随由维兰德公司资助的普罗米修斯号飞船，前往那个星系寻找人类的起源。飞船上除了考古团队，还有船长扬西·哈罗威、生化人大卫等成员。到达目的地后，他们发现了外星生物的遗迹和休眠舱。大卫唤醒了一个外星巨人，但巨人醒来后开始疯狂攻击人类。随后，他们又发现了一种致命的黑色液体，这种液体具有强大的感染力和破坏力，导致船员们接连遭遇不幸。在与外星生物的对抗中，伊丽莎白·肖展现出了顽强的求生欲和智慧，她努力揭开外星文明的秘密，同时也试图拯救剩余的船员。最终，她驾驶飞船驶向了外星巨人的母星，想要探寻更多关于人类起源的真相。