《斩·赤红之瞳》故事发生在一个腐败黑暗的帝国统治下，少年塔兹米为了实现救助村庄的梦想，与伙伴一同前往帝都。途中伙伴遇害，塔兹米独自进入帝都后，却遭遇重重骗局，陷入绝境。在被行刑时，他被Night Raid组织所救，并加入其中。Night Raid是一个由一群身怀绝技的人组成的暗杀组织，他们使用被称为“帝具”的强大武器，专门刺杀帝国的腐败官员和邪恶势力。 塔兹米结识了赤瞳、玛茵等同伴，他们各自拥有独特的帝具和能力。在一次次的任务中，塔兹米逐渐成长，也与同伴们建立了深厚的情谊。然而，帝国也派出了强大的杀手部队与之对抗，双方展开了激烈的战斗。随着剧情推进，Night Raid的成员不断牺牲，赤瞳的妹妹黑瞳也成为了他们的劲敌。最终，塔兹米等人与帝国展开了最后的决战，尽管付出了巨大的代价，但他们为了正义和自由，依然奋勇向前。